御社には、いろいろ種類があります。一般には神明造が多いと思います。
この場合にも、一社のものと、三社、五社のものなどがありますが、通常はお家の大きさなども勘案されて、一社か三社でよいと思います。
一社の場合には、一番手前に天照大御神様のお札、次に氏神様のお札、さらに特別にご縁の深い神様をお祀りされる場合には、その神様のお札をその奥に納めます。

三社の場合には、さらに通し屋根のものと屋根違い屋根のものとがあります。これは、好みの問題もありますので、いずれでも結構ですが、低い屋根の方にお札が入るかどうかは、よく確かめて下さい。
三社の場合には、中央に天照大御神様のお札、向かって右側に氏神様のお札、そして特別にご神縁のある神様をお祀りされる場合には、向かって左側にその神様のお札をお祀り致します。

日々、お家でお祀りする神様は、天照大御神様と氏神様でよろしいのです。格、にご縁のある神様の場合に、特に左側にお札を納めてお祀りさせて頂きます。
たくさんの神様をお祀りすれば、ご利益が多いように勘違いをされている方がおられるようですが様の世界は私たちが想像している以上に、序列が厳しいものです。
お札の位置と神様の序列が違うときには、大変に神様に失礼なことになります。格別のご縁のある神様の場合でも、よほどの場合でない限り、年に一度か二度直接その神様のお社にお参りをしたのでもよろしいので、そこは日々神棚でご挨拶されたいのかはお気持ち次第ですから、ご一考下さい。
ですから日本の中心の天照大御神様と氏神様に、日々心を込めてご挨拶することからはじめることをお勧めいたします。