飯縄神社里宮は、武田信玄が元亀年間（1570〜1573）に創建したとされ、天正8年（1580）には武田勝頼が朱印状をもって造営と遷宮を行い、代々の神官・千日大夫（せんにちだゆう、たゆう。太夫とも書く）の冬季居所になったという。
もともと飯縄神社は、飯縄山山頂に天神大戸道尊を祭り、飯縄大明神と称したのが始まりとされ、
平安時代、学問行者が飯縄山に入山し、大日如来の尊容を拝したと言われる。
鎌倉時代には、水内郡の地頭伊藤兵部大輔兼豊前守忠縄（忠綱）が、飯縄大明神のお告げにより入山し山頂に飯縄大権現を勧請。
その子、盛縄（盛綱）は飯縄の法を受継いで自らを「千日大夫」と称し、忍法の祖となり飯縄信仰を全国に広めた。
室町時代、足利義満が、幼少期に飯縄大明神の加護を受け、のち征夷大将軍になったことから、紫金仏の地蔵菩薩像を寄進。
その後も武田信玄や上杉謙信らをはじめ、多くの戦国武将から厚く信仰された。
飯縄山里宮は、明治４年（1871）皇足穂命（すめたりほのみこと）神社と改称した（旧郷社）。
奥社は飯縄山頂にある。
里宮は長野市芋井荒安（いもいあらやす）の飯縄明神の別当（神主）、仁科（にしな）氏屋敷跡にある。
明治９年（1876）、県に提出した芋井村の上申書に「飯砂山は保食神（うけもちのかみ）の降跡にて、一山全体をもって神明と崇め奉り、水内郡萩野（はぎの）城伊藤豊前守忠縄（いとうぶぜんのかみただつな、忠綱との説もある）、飯縄明神の告げにより天福元年（1233）山頂に幣座（へいざ）を構え、断食して奉仕につとめ、遂に神通自在を会得して、応永７年（1400）卒す。
その子次郎盛縄、長寿して奇験あり」と記している。
荻野城の麓にある中条村大久保の飯縄神社は、忠縄が飯縄の法を修めた発祥の地という。
信玄は、弘治３年（1557）２月に葛山を攻略し、飯縄山一帯を勢力圏にした。
３月28日、信玄は「飯縄山のこと、父豊前守のごとく、相違あるべからず候。しからば、武運長久の祈念、怠るべからず候」と千日大夫に安堵状を与えている。
このように飯縄明神社の別当は、千日大夫を襲名した。
その後、天正６年（1578）、武田勝頼は千日大夫の養孫に「仁科甚十郎」の名を与えている。
これ以後、飯縄明神社の別当は、仁科甚十郎を襲名したが、この名はまだ定着しなかったらしく、武田家滅亡の後、川中島は上杉景勝領となり、国人領主は帰郷した。
天正12年（1589）、芋川親正（いもかわ・ちかまさ）は千日大夫に、小島田の内、飯縄領を前々のように寄進している。
芋川氏は広田氏の宗家で、飯綱町芋川に移り、芋川氏を継承した。
